Заключён гражданско-правовой дог7овор с бюджетным учреждением,  выставили 2е перетензии по ненадлежащему исполнению договора, в договоре о претензиях нет ничего, ссылаясь нат то, что якобы некоторые площади не убираются, площади все убираются согласно договора-1 раз в смену, акты за апрель не подписывают, что делать?

Создайте внутренние акты, которые будут подписываться по факту выполнения работы доверенным лицом от заказчика (или N актов и M лиц :-) ). Если доверенное лицо с серьёзностью отнесётся к поставленной задаче, то в скором времени вскроется причина недоверия к вам, это будет либо недобросовестность ваших работников, либо отсутсвие влаги после уборки из-за применения быстросохнущей химии. Если заказчик не захочет искать ответсвенного за приём вашей работы, хотябы на период выяснения причин (минимум неделя, максисмум месяц) - значит он не заинтересован в ваших услугах.